Najwyższą instytucją naukową w Izraelu jest Izraelska Akademia Nauk w Jerozolimie (założona w 1959 r.), która jest korporacją uczonych i organem doradczym rządu do spraw nauki. Akademia programuje rozwój badań podstawowych i jest głównym opiniodawcą dla Uniwersyteckiego Komitetu Grantów i innych fundacji naukowych. Głównym organem rządu do kierowania i finansowania badań naukowych jest Narodowa Rada Badań Naukowych i Rozwojowych (założona w 1950 r.), która przedkłada rządowi perspektywiczne plany i realizuje jego politykę naukową.

Izrael posiada godną pozazdroszczenia utalentowaną kadrę naukową oraz bogate zaplecze naukowe, a także licznych studentów otrzymujących każdego roku dyplomy naukowe. Cywilne badania naukowe skupione są głównie na siedmiu uniwersytetach (Uniwersytet Ben-Guriona, Uniwersytet w Hajfie, Uniwersytet w Tel-Awiwie, Technion - Izraelski Instytut Technologii, Instytut Weizmanna, Uniwersytet Bar-Ilana oraz Uniwersytet Hebrajski w Jerozolimie), czterech szkołach medycznych (Uniwersytet Ben-Guriona, Uniwersytet w Tel-Awiwie, Technion i Uniwersytet Hebrajski) oraz dwóch rolniczych instytutach badawczych (Instytut Volcani i Wydział Rolnictwa Uniwersytetu Hebrajskiego).

W Izraelu działa wiele fundacji naukowych, z których największą jest Technion Research and Development Foundation w Hajfie (założony w 1952 r.), w dziedzinie badań stosowanych oraz Instytut Weizmanna w Rehowot (założony w 1949 r.), prowadzący badania podstawowe we własnych placówkach naukowych i subwencjonujący systemem grantów badania podstawowe prowadzone w innych placówkach naukowych. Działa również Izraelska Komisja Energii Atomowej, która programuje i finansuje badania jądrowe prowadzone w Centrum Badań Jądrowych w Jawne i w Ośrodku Badań Jądrowych w Dimonie na pustyni Negew.

Badania naukowe wspierają fundusze narodowe, przeznaczone na rozwój wszystkich dziedzin nauki. Należą do nich:

American Jewish Historical Society     - http://www.ajhs.org/
    American Physicians Fellowship for Medicine in Israel
                                                                    - http://www.apfmed.org/
    Association des Informaticiens Juifs de France
                                                                    - http://www.connec-sion.com/
    Association for the Promotion and Distribution of Tekhelet - P'til Tekhelet
                                                                    - http://www.tekhelet.com/
    Association of Jewish Libraries     - http://www.jewishlibraries.org/
    Association of Orthodox Jewish Scientists     - http://www.aojs.org/
    Center for Business Ethics and Social Responsibility     - http://www.besr.org/
    Coalition for the Advancement of Jewish Education     - http://www.caje.org/
    Coalition on the Environment and Jewish Life     - http://www.coejl.org/
    Hebrew History Federation dedicated to research in and education about
        Jewish technological and artistic contributions to the evolution
        of civilization     - http://www.hebrewhistory.org/
    Institute for Medical-Halachic Research
                                                    - http://www.szmc.org.il/index.asp?id=94&top=1
    Jerusalem Center for Research on Medicine and Halacha
                                                                    - http://www.j-c-r.org/
    Jewish Bible Association     - http://www.jewishbible.org/
    Jewish Education Service of North America     - http://www.jesna.org/
    Jewish Internet Association     - http://www.jewishinternetassociation.org/
    Jewish Law Association     - http://www.mucjs.org/JLAS/
    Jewish Legal Heritage Society     - http://www.mishpativri.org.il/
    Jewish Publication Society     - http://www.jewishpub.org/
    Jewish Student Organizations - USA     - http://www.science.co.il/JSO.asp
    Magen David Adom - Supporting Israel's Emergency, Medical, Health, Blood
        and Disaster     Services     - http://www.magendavidadom.org/
    Maimonides Research Institute     - http://www.maimonidesinstitute.com/
    National Association of Professors of Hebrew
                                                                    - http://polyglot.lss.wisc.edu/naph/
    National Institute of Judaism and Medicine     - http://www.nijm.org/
    National Yiddish Book Center     - http://www.yiddishbookcenter.org/
    Professors for a Strong Israel     - http://www.professors.org.il/
    Torah Science Foundation     - http://www.torahscience.org/
    World Union of Jewish Studies     - http://jewish-studies.org/