Organizacja Syjonistyczna została założona w 1897 roku podczas Pierwszego Kongresu Syjonistycznego w Bazylei, w Szwajcarii.

Celem organizacji była realizacja postanowień Kongresu Syjonistycznego:
      - rozwój osadnictwa żydowskiego w Ziemi Izraela, ze szczególnym naciskiem
                  na rozwój rolnictwa, rzemiosła i produkcji.
      - organizacja i zjednoczenie wszystkich Żydów w odpowiednich instytucjach,
                  zarówno lokalnych jak i międzynarodowych, które będą działać w
                  zgodzie z prawami każdego państwa.
      - ukształtowanie i wzmocnienie żydowskiej świadomości narodowej.
      - podjęcie kroków przygotowawczych w celu uzyskania międzynarodowej
                  zgody w momencie realizacji celów Syjonizmu.

W pierwszym okresie istnienia, Organizacja Syjonistyczna starała się uzyskać od Turcji pozwolenie na utworzenie państwa żydowskiego w Palestynie. Gdy te próby zakończyły się niepowodzeniem, cele były realizowane poprzez wspieranie żydowskiej imigracji i pomoc w rozwoju osadnictwa.

Fundusze na działalność były zarządzane przez utworzony w 1899 roku Jewish Colonial Trust. Wykup nowych ziemi realizowano za pośrednictwem utworzonego w 1901 roku Jewish National Fund (Narodowy Fundusz Żydowski). Działalność tą wsparto utworzonym w 1903 roku Anglo-Palestine Bank i w 1920 roku Keren Hayesod.
    Sfinansowały one liczne przedsięwzięcia realizowane w Ziemi Izraela, miedzy innymi: Palestine Electric Company i Palestine Potash Company.

Gdy 14 maja 1948 roku powstało niepodległe państwo Izrael, mogło ono od razu korzystać z przygotowanych kadr administracyjnych, które dobrze znały problematykę Palestyny.

W styczniu 1960 roku Organizacja Syjonistyczna zmieniła nazwę na Światową Organizację Syjonistyczną. Główna siedziba organizacji znajduje się w Jerozolimie.

Członkostwo w Organizacji Syjonistycznej jest otwarte dla wszystkich Żydów. Wszystkie decyzje dotyczące działalności organizacji są podejmowane podczas Kongresów Syjonistycznych, które przez pierwsze 4 lata zbierały się corocznie, później co 2 lata aż do wybuchu drugiej wojny światowej. Po wojnie Kongres zbiera się co 4 lata.
    Prawo głosowania delegatów na Kongres jest zabezpieczone przez kupno syjonistycznego Szekla. Delegaci pochodzą ze wszystkich żydowskich środowisk na świecie, bez względu na poglądy polityczne lub religijne.

Prezydenci Światowej Organizacji Syjonistycznej:
        - Theodor Herzl (1897-1904)
        - David Wolfsohn (1905-1911)
        - Otto Heinrich Warburg (1911-1921)
        - Chaim Weizmann (pierwszy raz: 1921-1931)
        - Nahum Sokolow (1931-1935)
        - Chaim Weizmann (drugi raz: 1935-1946)
        - David Ben-Gurion (1946-1956)
        - Nahum Goldmann (1956-1968)

Przewodniczący Egzekutywy Światowej Organizacji Syjonistycznej:
        - Ehud Avriel (1968-1972)
        - Louis Arie Pincus (1968-1973)
        - Arie Leon Dulzin (pierwszy raz: 1973-1975)
        - Pinhas Sapir (1975)
        - Arie Leon Dulzin (drugi raz: 1975-1976)
        - Joseph Almogi (1976-1978)
        - Arie Leon Dulzin (trzeci raz: 1978- 1987)
        - Simcha Dinitz (1987-1994)
        - Yehiel Leket (1994-1995)
        - Avraham Burg (1995-1999)
        - Sallai Meridor (1999-2005)
        - Zeev Bielski (2005- ... )